為確保各項工作穩定高效運轉，公司建立科學化管理體系，內設綜合辦公室（黨委辦公室）、黨委組織部（群團工作部）、紀委辦公室、安全企管部、人力資源部、財務管理部、產業開發部、工程管理部、運營管理部共9個機關部室，下設路網運行調度中心、收費稽查中心、菏澤東養護中心、菏澤西養護中心、菏澤東路管中心、菏澤西路管中心共6個中心，以及鄆城南收費站、鄆城收費站、菏澤東收費站、菏澤收費站、菏澤西收費站、東明收費站共6個收費站。